多發(fā)性骨髓瘤（MM），一種血液惡性腫瘤，其特點是骨髓中的漿細胞發(fā)生多階段變化，導致多器官受損。雖然臨床上蛋白酶體抑制劑如硼替佐米（BZB）取得了一定的療效，但耐藥性問題仍然是一個主要障礙，使得MM成為一種無法治愈的疾病。先前的研究已經(jīng)逐漸揭示了非編碼基因，尤其是長非編碼RNA（lncRNA）在MM的腫瘤發(fā)生和藥物反應性中的作用，它們不僅調(diào)控基因表達，還具有成為治療靶點的潛力。然而，目前對MM中大多數(shù)非編碼RNA的功能認識仍然不足。

　　一、長非編碼RNA的缺失CRISPR-Cas9篩選在多發(fā)性骨髓瘤細胞系中的應用研究團隊使用經(jīng)過驗證的第三代慢病毒CRISPR-Cas9文庫，在多發(fā)性骨髓瘤（MM）細胞系AMO-1及其抗BZB亞克隆（ABZB）上對671個長非編碼RNA（lncRNA）進行了隱性集合CRISPR-Cas9篩選。30天轉(zhuǎn)導后，他們通過NGS測序技術(shù)追蹤了存活細胞中的pgRNA盒，以量化lncRNA對細胞生長的影響。篩選結(jié)果符合預期，證實了方法的有效性。在篩選中，與非靶向和對照基因相比，靶向lncRNA的pgRNA顯示出廣泛的損耗對折變化（logFC）。排除核糖體蛋白基因和其他對照基因后，研究人員確定了42個顯著減少細胞生長或誘導MM細胞死亡的非蛋白編碼位點，其中9個在兩個細胞系同存在，具有統(tǒng)計學意義，突出了這些依賴性在MM特異性和基因組背景獨立性方面的關鍵作用。

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　　圖1 LncRNA的缺失CRISPR-Cas9篩選在多發(fā)性骨髓瘤細胞系中的應用

　　二、篩選結(jié)果和依賴性分析研究小組利用MAGeCK分析方法確定了對MM細胞健康有顯著影響的lncRNA，過濾掉了控制必需基因和沒有表現(xiàn)出顯著影響的非靶向lncRNA，進一步縮小了候選基因的范圍。隨后，他們重點研究了在768名MM患者中基礎表達水平顯示出顯著預后能力的lncRNA，最終確定了8個具有潛在致癌潛力的未表征lncRNA作為多發(fā)性骨髓瘤的候選基因。該過程不僅通過基因表達分析確定了lncRNA的致癌潛力，還為后續(xù)的功能研究和臨床驗證提供了基礎。對每個候選基因的表達進行深入分析，發(fā)現(xiàn)一些lncRNAs在MM患者中明顯上調(diào)，與疾病的嚴重程度和預后相關。通過對這些lncRNA的研究，研究人員希望能夠揭示其在MM病理過程中的具體功能。

　　三、篩選高優(yōu)先級的致癌 lncRNA 候選者在AMO-1和/或ABZB細胞的關鍵lncRNA中，之前未被特征化的RP11-350G8.5（別名IL6R-AS1）因其在AMO-1和ABZB中的顯著必要性和與MM患者預后的顯著相關性而成為頂級候選者。RP11-350G8.5在這些細胞系中的損耗對折變化（logFC）分別為-1.53和-2.02，MAGeCK假發(fā)現(xiàn)率（FDR）為6.5 × 10^-4和2.6 × 10^-4。此外，該lncRNA在MM患者中的上調(diào)與不良預后密切相關，暗示其在腫瘤發(fā)展中的關鍵作用。研究團隊比較了RP11-350G8.5與其反義基因（IL-6R）的表達，未發(fā)現(xiàn)明顯證據(jù)表明RP11-350G8.5對IL-6R有負向調(diào)節(jié)作用。值得注意的是，IL-6R在AMO-1中不是必需基因，這進一步表明RP11-350G8.5的致癌作用與其反義基因的調(diào)控無關。

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　　研究人員通過qRT-PCR分析了ABZB和AMO-1細胞系中RP11-350G8.5和LINC00467的過表達情況，并將其與健康供體的外周血單核細胞（PBMC）進行了比較。分析結(jié)果表明，這些lncRNA在MM細胞中的表達水平顯著高于正常細胞，這可能暗示它們在多發(fā)性骨髓瘤（MM）的發(fā)病和發(fā)展中扮演著關鍵角色。特別是RP11-350G8.5在MM細胞中的高表達水平可能表明其在腫瘤微環(huán)境中具有潛在的致癌特性。此外，與LINC00467相比，RP11-350G8.5的基礎表達水平較低，這可能表明它們在細胞過程中的不同作用。盡管當前的研究結(jié)果充滿希望，但對這兩個lncRNA的具體作用機制和它們之間的相互作用仍需進一步探究。這些發(fā)現(xiàn)為深入了解MM中l(wèi)ncRNA的功能，尤其是在耐藥性和細胞增殖方面，提供了新的線索。在比較硼替佐米（BZB）治療患者的表達水平的研究中，研究人員發(fā)現(xiàn)，與正常組織相比，RP11-350G8.5在MM患者中明顯升高。這一結(jié)果表明，RP11-350G8.5在腫瘤細胞存活過程中起著關鍵作用，可能與耐藥性的產(chǎn)生密切相關。此外，LINC00467的高表達與RP11-350G8.5之間存在正相關關系，表明這兩個lncRNA可能共同影響MM的進展。因此，針對RP11-350G8.5的靶向療法可為克服BZB耐藥性提供新策略，并為臨床治療方法提供新見解。

　　圖4 RP11-350G8.5的潛在致癌作用：體外驗證及來自體內(nèi)模型的初步數(shù)據(jù)五、RP11-350G8.5和LINC00467在多發(fā)性骨髓瘤中的作用研究人員進一步探討了RP11-350G8.5和LINC00467在多發(fā)性骨髓瘤（MM）中的功能及其相互作用。這兩個lncRNA的表達水平與腫瘤細胞的生存能力、增殖能力及對化療藥物的耐藥性密切相關。特別是RP11-350G8.5的高表達與MM患者的不良預后相關，提示其在腫瘤發(fā)生和進展中的潛在致癌作用。通過基因敲除實驗，他們發(fā)現(xiàn)抑制RP11-350G8.5的表達可以顯著降低MM細胞的增殖能力，增加細胞凋亡率。這一發(fā)現(xiàn)表明，RP11-350G8.5不僅對MM細胞的生存至關重要，而且可能通過調(diào)控關鍵生存信號通路影響腫瘤的耐藥性。同樣，LINC00467的過表達也與細胞存活相關，且其在MM細胞中的功能亟待進一步研究。此外，他們還考慮了這兩個lncRNA在不同腫瘤微環(huán)境中的作用，尤其是在與骨髓基質(zhì)細胞（BMSCs）相互作用時的影響。BMSCs能夠為腫瘤細胞提供保護性信號，而RP11-350G8.5和LINC00467的表達水平可能影響這一相互作用，進一步影響MM的耐藥性和細胞存活。這兩種lncRNA的相互作用和功能特點為治療MM提供了新的視角，特別是針對這些lncRNA開發(fā)靶向療法，可能會產(chǎn)生顯著的臨床療效。研究團隊還在考慮利用基因編輯技術(shù)驗證這些lncRNA在不同MM細胞系中的特異功能，從而為后續(xù)的臨床應用提供理論支持。

　　圖5RP11-350G8.5敲除（KO）后ABZB細胞系的差異表達和通路富集分析

　　總體來說，本研究通過對長非編碼RNA（lncRNA）進行CRISPR-Cas9篩選，揭示了RP11-350G8.5和LINC00467在多發(fā)性骨髓瘤（MM）細胞中的重要作用。這兩個lncRNA的表達與腫瘤細胞的生存、增殖及對Bortezomib（BZB）耐藥性密切相關。研究表明，RP11-350G8.5的高表達與MM患者的不良預后顯著相關，且抑制其表達可顯著降低細胞增殖能力，增加細胞凋亡。此外，LINC00467的高表達也與細胞存活密切相關，說明其在腫瘤進展中可能發(fā)揮重要作用。研究顯示，這兩個lncRNA可能在多發(fā)性骨髓瘤（MM）的發(fā)生和發(fā)展中具有協(xié)同效應。未來的研究應致力于深入探究這兩個lncRNA的功能機制，并評估它們在MM治療中的潛力，特別是如何通過靶向這些lncRNA來克服耐藥性。此外，通過結(jié)合臨床數(shù)據(jù)，研究團隊可以為個體化治療提供新的策略，以改善MM患者的治療效果和生活質(zhì)量。

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